夫妻双方分居多年的可以通过协议离婚和诉讼离婚的方式办理离婚。夫妻双方离婚的可以先协商处理，如果对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，可以办理协议离婚;如果协商不成，可以到法院起诉，由法院进行判决，法院对于夫妻双方因感情不和分居满两年，经法院调解无效的，应当准予离婚。
分居的证明材料：
1、分居后另行租房的租房协议;
2、当地居委会的证明;
3、所居住小区物业管理处的证明;
4、知道了解分居事实的房东或邻居亲自作证或由其出具的证言;
5、双方的书信来往、录音等证据，需要注意的是录音谈话要涉及双方因感情不和分居的事实，只要对方也承认因感情不和分居的事实，可以作为证据使用，但要和其他证据形成证据链;
6、分居期间如有其他同居人，同居人的证明;
7、分居期间一方在外打工而办理的暂住证等。
法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》
第六十六条 证据包括：(一)当事人的陈述;(二)书证;(三)物证;(四)视听资料;(五)电子数据;(六)证人证言;(七)鉴定意见;(八)勘验笔录。
证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。
虽然夫妻双方长期分居，但是仍处于夫妻关系存续期间的，针对财产问题，双方可以通过协议约定处理，如果没有约定的，一般仍然属于夫妻共同财产，按照夫妻共同财产分割。
